南京海关积极发挥两岸直航优势，以三大台商聚集地之一的昆山为基点，以江苏第一外贸大港的太仓港为支撑，促进现代物流行业成长，服务对台贸易发展。自2008年12月15日两岸直航至2009年1月底，海运直航共进出1135标箱，货值5669.44万美元，其中进口货值4885.82万美元；出口货值783.62万美元。为进一步发挥两岸直航港口的辐射联动功能，两关重点采取以下几个措施：
南京海关积极配合江苏省委、省政府关于“昆太联动”的战略决策，开展内部资源整合，发挥政策叠加优势，努力探索港口物流和经济腹地深度融合和无缝对接下的海关监管新模式，引导昆太两地成为两岸经贸合作先行区，协助昆山市申请建设“海峡两岸商贸合作区”。
同时该关以加工区保税物流拓展功能试点为契机，抢抓“大三通”机遇，发挥苏州“虚拟空港”优势，大力推动昆山-太仓“区港联动”，进一步简化和规范通关验放手续，服务两岸人才交流互访，便利企业设立综合性研发中心，创立自主品牌，提升产品价值，更好推动加工贸易行业转型升级。
为了打造高效直航通关模式，南京海关以“对台海运直航申报专用窗口”为切入点，推行“一站式”接待处理与直航所有的通关、征税业务，并辅以担保放行、提前申报、上门查验等便捷通关措施，建立便捷通畅的两岸直航通关新模式。2009年1月太仓海关完成机构整合搬迁后，将海关监管直通点前移至太仓港，形成“机构前移、直接服务两岸直航”的新型海关业务架构。
目前太仓港已获批建立保税物流中心，南京海关以此为契机，与苏州市政府签订《关于促进苏州区域经济发展合作备忘录》，积极推进苏沪物流监管中心和太仓海运货物集散中心选址和建设工作，支持太仓港区申请设立“两岸自由贸易区”，努力将昆太地区打造为辐射苏南地区乃至全省的台商物流周转中心，有力保障经济平稳较快发展。

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