两岸“三通”首日，上海海关共验放直航航班14架次，验放机组及乘务员212人次，验放旅客2352人次；其中首架航班mu2075上有150名旅客和18名机组人员。监管特快邮件83件，其中来自台湾的24件，寄往台湾的59件。上海港首航台湾高雄港的“远河”轮和“新非洲”轮上载有货值900余万元的自行车、家具、钢材、化工品等物品，其中直接报关货物为32票，货值660余万元，两船至台湾的转关货物13票，货值240余万元。
为让两岸“三通”更畅通，上海海关适时推出了专窗专人受理、24小时全天候作业、建立关企联络人制度、提供个性化服务、贴心查验服务以及加大知识产权保护等六项措施。
上海海关在航交所、洋山等业务现场开设了“对台货物报关专窗”，承诺优先受理、专人办理，为两岸航运货物通关打造无障碍“绿色通道”。为了让直航货物享受“随到随报”的待遇，海关对相关货物的进出口申报、查验、转关实施了“5+2天”工作制，并对出口货物放行、国际中转、进出境船舶申报实行“7×24”小时全天候作业。
为了实现“直航旅客通得畅”的目标，上海海关安排业务骨干值守机场旅检通道，提供快速验放服务。为了让“直航货物走得快”，上海海关建立起关企联络人制度，指派专人经常走访经营两岸航运业务的相关公司，做好提前介入、提供政策咨询和跟踪服务工作。同时，上海海关还依托通关投诉咨询总台这一载体，根据企业需要，在进出口货物申报前面向诚信守法企业提供预归类、预审价和原产地管理咨询服务工作。
即使遇到货物查验也不必过分担忧，因为上海海关推出了一套“贴心”查验服务，包括优先安排查验，在查验方式方面优先选择非侵入式等。对于不便在海关现场查验的进出口货物，海关查验人员还会根据企业预约，上门实施“门对门”查验。
此外，海关方面还加大了对直航货物的知识产权海关保护力度，通过加强侵犯知识产权货物的风险分析和政策宣传，切实维护相关企业的合法权益。

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