据海关统计，截止2006年3月20日，张家港保税物流园区海关共受理进出口报关单6836票，其中进口报关单4025票，出口报关单2811票。进出区货运总量为272.7万吨，货值19.17亿美元，其中进境货运量126.7万吨，货值8.22亿美元；园区出境货运量11.7万吨，货值4768万美元；国内出口到园区货运量6.99万吨，货值1.12亿美元；园区进口到国内货运量127.3万吨，货值9.35亿美元。海关征收税款达13.93亿元，签退出口退税报关单1970份，货值1.03亿美元。货运总量和海关税收均超过了上海外高桥、大连、天津等其他保税物流园区，居全国物流园区首位。
自张家港保税物流园区运作以来，张家港保税区海关积极稳妥地推动园区各项功能拓展，建立了以h2000系统为核心，保税物流园区信息化管理系统为基础，液体化工品联网监管系统为特色，视频监控系统为辅助的“四位一体”信息监管体系，确保物流园区的各项业务操作能够初步成形，运作稳定。同时，该关还以有效监管为前提，以不打破物流链为标准，按照客户导向模式，大胆尝试新的通关监管作业模式。对通过管道连接扬子江化工园的生产企业尝试集中报关模式，实现了对以液体形态为原料的生产企业的零库存管理。此外，引导企业出口申报按照“提前申报货到验放”的方式进行，实现货物流与单证流同步，并在此基础上对符合条件的企业，通过签订监管协议方式实行双提前申报，进一步降低企业成本，缩短通关时间。在对园区仓库管理上，海关采取先进的sap管理模式，改变了原来按报关单堆存货物、核查货物的做法，受到了企业的高度赞扬。
目前张家港保税物流园区在管委会、海关等管理部门的齐心协力下，已实现了保税仓储、二线结转、跨区转关、区港联动等多项功能，也取得了一定的运作成效。一是物流园区因具备国际采购、国际配送、国际中转和国际转口等功能，吸引了一批大型国际采购、国际配送企业入驻园区。如全球最大的液体化工物流企业荷兰孚宝公司，全球最大的紧固件供应企业荷兰百科公司等，这现企业都是依托园区功能，通过从国内和东南亚地区采购，在园区内简单增值加工，再向欧美等地区出口的模式开展采购与配送。这类欧洲中心仓库向亚洲和中国的转移为物流园区发展提供了广阔的空间；二是以港口为依托，充分发挥市场集聚效应，专业物流初现端倪。张家港保税物流园区正逐步形成化工、纺织、机电五金等专业化物流形态，依托港口大的吞吐量和业已形成的化工品交易市场以及正在逐步形成的纺织原料等市场，专业化物流逐步显露出来；三是初步形成了园区、保税区、扬子江化学工业园区紧密联系、联动发展的良好局面。通过实现园区和保税区之间的区区联动，解决了长期以来保税区生产企业使用国产原材料退税难的老问题，有力地推动了保税区生产企业的发展。另外，海关还针对扬子江化学工业园内国际大公司多、对物流要求高的特点，充分利用保税物流园区的功能优势，为化工园区内企业实现零库存管理，进一步优化企业物流链，大大降低了企业成本。
今后，张家港保税物流园区将继续发挥自身叠加保税区和出口加工区政策功能的优势，加大区港联动力度，把园区的政策功能优势和码头的吞吐优势紧密结合，使园区真正成为长江流域重要的进出口通道和货物集散地。

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