今年以来，南京海关狠抓加工贸易和保税物流管理的规范化建设，综合治税取得明显成效。1—8月，南京海关手册备案36929份，备案金额537.6亿美元，同比分别增长了1.7%和36.4%；加工贸易内销补税达21亿元，同比增长86.6%。
组织开展加工贸易企业内销补税自查工作。对2003年以来至今年上半年加工贸易内销补税情况开展自查，对内销金额前10位的企业及商品进行全面核查。重点核查加工贸易保税进口货物、加工贸易监管设备转内销时是否已全额纳税，是否存在低瞒报内销价格情事；加工贸易边角料转内销是否足量、足额补税，是否存在未经海关许可擅自内销边角料的情事；其他物料如包装物料、零星辅料、消耗性物料、残次品等是否存在应当补税但尚未补税的情事。
严格加工贸易合同审批备案，积极引导企业调整贸易方式。在合同备案环节加强对加工贸易和保税货物数量、价格和归类的审核，加大对不如实申报行为的处罚力度，规范合同备案申报行为。根据企业上年度及今年上半年内、外销情况，以内销为主的企业申请合同保税备案的，积极向外经贸部门反馈，不再批准其申请和备案新的加工贸易合同，引导企业转向一般贸易。
全面加强单耗管理，切实提高单耗管理水平。加大对单耗的下厂核查力度，对近两年新开展加工贸易的企业、新出现的加工贸易商品，对有保税和非保税料件掺杂使用、投入料件配比申报不明确、单耗横向对比损耗偏高、申报单耗接近或达到加工贸易单耗标准上限、消耗性物料使用多等情况的加工贸易企业，尤其是内销补税量大的企业，纳入单耗的重点核查范围，重点核查企业比例不得少于实际开展加工贸易企业10%。
严格加工贸易边角废料的审核和补税。制定关区加工贸易废料处理办法，建立边角料规范申报数据库，对重点企业申报的边角废料的价值、数量进行认真核定，对难以判断的情况下及时下大厂进行实际核查。对申报价格与海关估价存在较大争议且数量较大的补税边角料，动员引导企业作拍卖处理。
做好加工贸易内销审核工作，加大下厂核实力度。对内销限制类商品或内销比例超过10%的企业做到100%下厂核查。加大对企业擅自串料的核查力度，对擅自串换下来的保税料件，已发生内销的移交缉私部门，对未经审批的串料行为一律不得认可，尚未内销的作为余料处理；对内销申报时间在手册有效期到期前一个月内的或有超过实际进口数量20%余料需结转的企业要即时进行重点核查、下厂核销；对内销过程中有瞒报、少报、低报、不报等行为的企业，应对其开展加工贸易实施保证金措施。
加强对加工贸易联网企业的规范管理。制定关区加工贸易联网操作规程，统一、规范对加工贸易联网企业审批、备案、外发加工、深加工结转、中期核查、核销业务。加大对联网企业损耗的认定，对一般贸易与内销的损耗水平进行比较分析，防止企业高报损耗；核销过程中要根据不同时期的监管重点、货物的敏感程度，进行不低于25%的抽盘；加强对理论库存与实际库存差异情况的分析，不断提高盘查工作质量。
切实承担加工贸易归类和审价职责。以加工贸易合同备案审批及其货物内销补税环节归类和审价操作职责调整为重点，抓好加工贸易内销补税工作。在关区全面实施加工贸易合同备案审批及其货物内销补税环节归类和审价操作职责调整试点工作，制定试点实施方案及具体业务操作规程，明确目标任务，确保取得实效。
加强与稽查部门的配合联系。配合稽查和缉私部门组织好对2003年以来加工贸易企业内销的自查补税工作，要求企业在自查的基础上将漏补、少补或未补的税收及时补到位；配合稽查部门对保税区、出口加工区内经营保税货物转内销企业的重点核查工作，加强对出口加工区、保税物流中心、保税物流园区等特殊监管区域进、出区货物的价格审核和归类，防止企业利用特殊监管区域间货物的多次流转而低报价格，瞒报、伪报品名以逃避海关税收等情事的发生。

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