2009年，该关税收净入库42.53亿元，比2008年增长了8.85%。至此，重庆海关已实现连续三年税收大幅增长，进出口税收累计入库117.73亿元，年均增幅达11.3％。该关相关负责人表示，这得益于重庆市开放型经济的高速发展。
据介绍，2007年以来，重庆市开放型经济发展迅猛，外商投资额的高速增长以及外贸业务的快速发展增大了重庆的进出口物流的总量。据该关统计，2007年到2009年，重庆关区进出口货运量分别为333万吨、443.1万吨和636.3万吨，同比上年分别增长91.2%、33.1%和43.6%。
同时，重庆海关也进一步加强了综合治税工作，通过强化缉私、稽查、归类、审价等手段，有效杜绝了税收“跑、冒、滴、漏”。据统计，仅2009年，该关就累计征补税7807万元，补税总额已占税收总额的1.84%。

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