为进一步提高海关税费支付信息化水平，提升税收征管效率，自2010年9月起，总署在长三角、珠三角和环渤海地区16个直属海关试点推广海关税费电子支付系统。系统自上线以来运行平稳，为此，总署决定，自2012年2月29日起，在全国除上述地区外的25个直属海关推广电子支付系统，我关列于其中。 电子支付系统是由海关业务系统、中国电子口岸系统、商业银行业务系统和第三方支付系统等四部分组成的进出口环节税费缴纳的信息化系统。进出口企业通过电子支付系统可以缴纳进出口关税、反倾销税、反补贴税、进口环节代征税、缓税利息、滞纳金、保证金和滞报金。税费电子支付系统是在对网上支付系统保留、创新基础上产生的，业务种类、操作流程与网上支付业务大体相同。总署要求各关要采取先行试点，至年底之前完成切换。
税费电子支付系统与网上支付系统海关端操作相比有一下区别：
（一）三个相同点:1.电子支付系统与网上支付系统都是在电子审结报关单后发送预扣指令；2.电子支付系统与网上支付系统都是在预扣成功后打印税（费）单；3.电子支付系统与网上支付系统都是实付成功后才能修改报关单。
（二）八个不同点:1.增加第三方支付环节，这是系统架构上较网上支付最大的变化；2.海关不再是合作协议的签约方，海关提供平台，参与政务管理，以备案方式对银行、进出口企业、第三方支付公司进行管理；3.能支付绝大多数海关税费的支付，包括税款、补征税款、滞纳金、缓税利息、滞报金、保证金，较网上支付只能支付税款，功能有很大完善；4.以税（费）单为单位进行支付，改变网上支付以报关单为单位的支付方式，有利于企业最大程度的提高资金利用率；5.税单按实扣成功时间进行核注，改变网上支付以预扣时间核注的做法，有利于税款及时、足额入库；6.在打印税单时发送实扣指令，改变网上支付放行后方进行实扣的操作，确保税款入库操作的连续性和严密性；7.税单第1联直接交企业，2-5联交给取单银行，改变税（费）单证流转模式，提高单证流转效率，为通关无纸化改革奠定基础；8.允许直属海关删除电子支付的报关单，但必须等到税单核注后次日方能操作。
（三）新增五大功能:1.增加直属海关关税部门对银行和企业的备案、删除、关闭电子支付管理；2.增加税单集中打印功能，以税单完成实扣对帐时间为条件，可选择按关别、付款银行名称进行打印；3.增加报文补发功能，对网络传输过程中出现的丢失数据进行补发；4.增加监控功能，为海关人员提供已实扣税（费）单组合查询、电子担保税单滞纳金监控功能；5.增加应收清单查询，供海关财务人员使用，在关库联网的情况下，海关与收款国库、收款银行进行对帐使用。

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