2006年，张家港保税区仓储业呈现量质并举发展态势，除仓储总量强劲增长外，区内18家仓储企业经营均获得了较以往更丰厚的收益，这标志着张家港保税区仓储业正式步入了良性发展轨道。据统计，全年进出区仓储量达131.34万吨，货值为17.58亿美元，同比分别增长24%和41%，创历史最高水平。其中进区65.86万吨、货值8.91亿美元；出区65.47万吨、货值8.67亿美元。据析，仓储业迅猛发展主要有以下六大要素：
一是保税区仓储的独特功能得到充分发挥。由于保税区具有“境内关外”的性质，国内外企业可充分利用保税区“缓税免证”的政策以及简便的手续，将国外仓库转移到保税区，既可实现与国内客户的“零距离”服务，积极开拓国内市场，做大做强物流业；同时又可通过资金优势，实现低价压货，高价销售出区，赚取可观的利润。如价格波动幅度较大的精对苯二甲酸（pta），2006年保税仓储量达到了pta10.6万吨，总金额9561万美元，同比分别增长了93%和116%。
二是纺织原料强劲增长的推动。据统计，2006年，棉花、pta、羊毛进库仓储量约占总仓储量的50%。其中棉花成为其中一大亮点，仓储量达到了17.9万吨，比去年增长520%。保税区海关围绕做强做大物流的工作理念，经过充分调研论证，提出依托保税区位于棉纺业较发达的长三角、水陆交通和港口的优势，及时建立区内棉花、羊毛、pta等纺织产品原料交易市场，通过实施区内交易、区内交接、区内缴税、区内支付和区内配送的全方位服务，为全国棉花贸易商提供了一个快捷、公平的交易平台。针对棉花转关入区遇到的问题，该关和管委会远赴乌鲁木齐海关、阿拉山口海关现场协调，及时解决了物流障碍。同时，强化海路、水路和陆路口岸协调，除了保证原有转关渠道畅通外，还新辟了上海洋山港转关入区的通道。
三是“区港联动”效应明显。自张家港保税区实施“区港联动”后，区位优势和政策优势凸显，仓储企业的增加，大大增加保税区的仓储能力，为保税区物流分拨提供良好的保障，其显著特点是：仓储品种迅速扩大，呈多元化发展趋势。与前年相比，06年新增仓储品种近200个。主要有纺织原材料、农药、化工原材料、电子产品、机械设备等。与此同时，世界知名企业纷纷入区开展贸易。如美国的劳伦斯公司，通过保税区进行五金产品的仓储分拨；英国bp公司在区内开展pta的仓储分拨业务，开拓国内市场；美国的路易达孚集团、阿联酋的赛奥卡公司在区内分别开展进口棉花的仓储分拨业务。其他一些外商也正积极与区内仓储企业进行洽谈。仓储企业仓储货源呈现良好的发展态势。目前区内大多仓储企业已拥有了一批固定的货源客户，仓储量均超过企业仓储面积的4/5，部分企业已在开展扩建工程。而且多年低迷的仓储价格得以强劲反弹，由以往最低的0.12元/平米天上升至目前的近0.4元/平米天，仓储经营收益大幅上升。预计2007年的仓储价格还将进一步上涨。
四是保税区具有良好的通关环境。保税区海关通过整合h2000系统、保税区物流信息化管理系统、保税物流园区信息化管理平台、电子关锁及智能卡口管理等系统，实现了海关、码头、理货、代理、企业的数据信息的充分共享，并通过推行“网上付税”、“集中报关”等制度，推广便捷企业“担保验放”、“无纸通关”等卓有成效的措施，从而保证进出口货物的有序高效流转。同时开拓仓储管理新模式，从而使保税区仓储业得以快速健康发展，为发展保税区的仓储业提供了强有力的保证。顺应保税区纺织原料市场的建设，保税区海关对棉花等商品除推出量身定做的服务套餐外，还配套启动了24小时不间断验放作息制度，推出了快速验放三夏农资农药的季节性制度，让企业切实感受到了海关的服务态度和工作质量；在对转关运输监管车辆的具体管理上，保税区海关加班加点快速验放，节约了物流成本，不少运输公司称赞保税区海关设身处地，真正做到了“以运为本”。据统计，2006年保税区海关物流监管部门累计加班近500人次。
五是企业服务能力的增强。众多区内企业为了加强赢利能力，纷纷在服务上拓展自己的生存空间，有的仓储企业从货物进区到货物出区，为客户提供代办报关、保险、拼箱集运中转、海陆运运输等全方位服务；有的仓储企业在自己的库区安装了24小时实时监控系统和防灾报警系统，确保了货物的安全和仓储的质量；有的为仓库和货物提供了巨额保险，免除了货主的后顾之忧。经过多年的发展，张家港保税区的储存和运输已经形成了一套成熟的仓储和物流体系，货物质量十分稳定。目前，众多区内仓储企业还在积极开展iso9000质量体系论证，其中6家企业已经通过了论证，有7家正在认证中，仓储企业的专业管理水平得到了大幅度的整体提高，为有序高效的贸易提供了强有力的保证，增强了境内外大物流商在张家港保税区运营的信心。
六是海关仓储监管理念的转变。近年来，张家港保税区海关加大对企业的通关辅导力度，提高对企业日常管理的工作效率，加强企业自我监督、自我完善的能力，实现了行政执法从“监督打击型”向“管理服务型”的转变。去年初，为适应仓储业快速发展形势的需要，在前几年整顿规范的基础上，保税区海关以风险管理为基础，以引导企业自律为导向，在区内所有仓储企业内推行新的星级分类管理办法，对不同仓储企业实现不同的奖惩办法，以此促进仓储企业管理理念的转变，引导企业健康发展。针对保税区内新建仓储企业比较多，很多企业对海关政策、操作流程不熟悉的情况，该关多次走访有关企业，宣传政策法规，并对企业有关人员进行海关法规、通关程序以及物流系统程序的培训，指导企业迅速走上正轨。同时还经常到企业现场办公，征求和听取仓储企业的意见和建议，了解企业业务状况和相关商品的进出区态势，适时指导和引导，受到了企业的普遍好评。

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