2009年1月9日，南京海关所辖的吴江海关为江苏盛虹化纤有限公司成功核发了电子化手册c23269350001，备案进口金额1245万美元，出口金额2000万美元，这是吴江海关成功核发的第一本加工贸易电子化手册，标志着吴江海关进入了从纸质手册到电子化手册备案转变的过渡期。随着电子化手册试点的不断成熟及逐步推广，截至2009年9月，吴江海关共核发电子化手册228本，备案金额8.74亿美元，电子化手册核发率达到了100%，标志着吴江海关正式废止了纸质手册备案管理，全面进入电子化手册备案模式的新阶段。
电子化手册以合同管理为基础，实行电子“身份证”，在手册备案、通关、核销、结案等环节中，采用“电子手册＋自动核算”的无纸化模式，实现“电子申报、网上备案、无纸通关、网上核销、在线服务”，并可实现多口岸同时通关，极大地解决了企业手册不够用、单份手册需申请多本分册的困难。同时，海关通过对企业实行备案资料管理模式，大大减少了备案审批时间，简化了手续，核销的成功率及审批速度大大提高。以往需要5个工作日完成的纸质手册备案、申领等工作，现在只需几个小时就全部办理完成。
“企业和海关是合作伙伴关系，实现企业与海关的双赢一直是我们加工贸易监管改革所努力追寻的一个目标。”吴江海关马金平关长在谈到全面推广电子化手册工作收到的成效时这样说。

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