日本化妆品进口清关报关需要遵守以下程序：
1. 准备清关文件：包括进口许可证、发票、装箱单、提单等。
2. 选择合适的报关代理：可以选择日本或中国的报关代理，确保代理有资质和经验。
3. 报关申报：报关代理根据清关文件进行申报，包括海关编码、货物价值、数量、品牌等信息。
4. 缴纳关税：根据申报的货物价值和税率，缴纳相应的进口关税。
5. 检验检疫：根据进口商品的种类和规定，进行检验检疫，确保商品符合相关标准和要求。
6. 收货取货：完成清关手续后，可以在海关指定的地点取货。

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