2013年，海口海关相继启动无纸化通关、分类查验等通关业务改革，力求进一步促进贸易便利化，为我省进出口企业提供更加优质的服务。
无纸化通关改革是指企业在办理货物进出口手续时，不必再打印纸质报关单及随附单证，只要在办公室通过网络直接录入报关单及随附单证的电子数据发送至海关即可，大大节省了往返海关现场递交纸质单证和排队等候耗费的打印费和交通、时间成本。此项改革自7月份在我关下属的洋浦经济开发区海关、海口美兰机场海关和海口港海关开展试点以来，已取得初步成效。据统计，目前，已有130家进出口企业与我关签订了无纸化通关协议，3个试点海关近4成的报关单实现了无纸化通关，无纸化出口、进口报关单（含查验和涉税报关单）平均通关时间为1.9小时和15.9小时，进口比同期全关整体平均通关时间缩短77%。
8月起，海口海关又推行分类查验改革，对经营单位为aa类且申报单位为b类及以上企业的进出口货物，一般只实施较低比例的随机抽查。据统计，8-11月我关查验率为9.88%，这意味着我省90%以上的进出口货物实现了无须开箱查验的快速通关，切实提高了进出口货物查验作业效能和诚信守法企业的通关速度。
同时，海口海关还积极扩大“属地申报、口岸验放”通关模式合作范围，分别与拱北、宁波、福州及合肥等直属海关签署区域通关合作备忘录，使跨区域通关合作范围扩大到北京、上海、广州、黄埔、深圳、拱北、青岛、南宁、宁波、福州、合肥等11个直属海关，方便我省企业在省内办理进出口货物在省外异地的报关手续，实现进出口货物的“一次申报、一次查验、一次放行”，有效降低企业跨区域通关成本和物流成本。2013年，昌江核电、海航集团、金海浆纸等6家重点企业应用“属地申报、口岸验放”模式进出口货值达1.64亿美元，比2012年增长53%。

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