随着保税区“区港联动”试点的深入开展，四大因素已成为阻碍保税区物流业快速发展的瓶颈。
一是对发展现代物流业认识不足。一些行政管理部门对现代物流的作用及其规律认识不足，对发展现代物流产业缺乏积极性，没有将其列入重要的议事日程，在人财物的投放上力度不够、措施不多、管理不力。部分生产企业受现行经营体制的制约或固守传统的思维定式，物流活动由企业内部组织完成，不愿将业务委托给专业性物流企业，造成低水平的重复建设，流通成本居高不下。许多仓储企业对利用现代手段进行管理认识不足，还是按照传统习惯进行管理，信息化管理水平低，实力无法增强，经营效益不佳。
二是物流企业服务层次较低。如全国不少保税区的大多数物流企业处于传统物流经营阶段，规模小、效率低，而且服务项目有限，只能提供单项营运，挂着“物流”名称从事传统运输业，无法提供完整的诸如流程网络设计以及货物购、运、调、存、管、加工和配送全过程服务，市场竞争停留在低层次的基本运输服务上。而仓储业务也还主要停留在承接仓储业务的简单层次，服务的延伸不到位。
三是物流管理手段落后。目前，保税区物流企业基本上还处于粗放式经营，运输资源分散导致物流成本难以降低，企业效益难以提高。物流企业信息化管理手段落后，应用层次较低，计算机应用多局限在办公和日常事务处理方面，还不能有效地运用网络信息和电子技术进行现代化管理，仓储业和交通运输业等物流主体行业现有仓库设施陈旧，装卸设备老化，自动化程度低，从事现代物流的技术含量不高。更缺乏规模较大、专业性较强和经营比较规范的第三方物流企业。
四是物流管理人才严重缺乏。现代物流作为一个新兴产业在保税区尚处于起步阶段，无论是政府相关部门还是物流企业都非常缺乏物流专业管理人才和技术人才，多数人员把物流当作普通运输业来经营和管理。物流从业人员普遍缺乏系统的物流知识，其专业素质和保税区物流发展需要存在较大差距。
张家港保税区海关认为，积极做大做强现代物流业务，有助于改善保税区的发展环境和满足社会多样化服务的需求，有助于激活形成新的经济增长点和提高经济增长质量，有助于提高保税区的比较优势和综合竞争力，实现保税区跨越式发展。处在这样一个关键时刻，政府和企业都必须及时化解制约物流发展的瓶颈难题，抓住机遇、创造条件积极推动保税区现代物流产业向大规模、多功能、高效率、标准化、规范化方向发展。

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